Actúa por inhibición de la formación de prostaglandinas a nivel de distintos pasos. Flunixín actúa como potente inhibidor del sistema de la enzima ciclooxigenasa implicado en el mecanismo de la inflamación, la consecuente disminución en la producción de distintos mediadores de la inflamación explicaría sus propiedades antiinflamatorias, antipiréticas y analgésicas.
En los Equinos, Flunixín posee efectos antipiréticos, antiinflamatorios y analgésicos bien reconocidos. Se lo considera 4 veces más potente que la fenilbutazona en aliviar el dolor en Equinos. Tiene especial interés en el tratamiento de la isquemia intestinal (cólico) por contrarrestar la endotoxemia mediante la reducción de la síntesis de prostaglandinas evitando el shock endotóxico.
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